Centre de Ressources Biologiques AP-HP Paris-Saclay

Centre de Ressources Biologiques AP-HP Paris-Saclay

Le Centre de ressources biologiques Paris-Saclay est une plateforme de soutien à la recherche. C’est une plateforme qui assure la collecte, le traitement, la préparation, la conservation, et la mise à disposition des échantillons biologiques et des données cliniques associées pour les hôpitaux Antoine-Béclère, Bicêtre, Paul-Brousse et Raymond-Poincaré AP-HP. Le CRB Paris-Saclay garantit la qualité, la traçabilité de ces ressources biologiques et le respect de la réglementation en vigueur.

Le Centre de ressources biologiques est certifié NF S96-900, labellisé IBiSA et s’appuie sur une démarche qualité.

L’équipe du CRB

Pr Celine VERSTUYFT – Responsable du CRB Paris-Saclay
Pr Catherine GUETTIER – Co-responsable du CRB Paris-Saclay
Julie TISSERAND – Ingénieur opérationnel
Nisrine SOLTANI – Ingénieur valorisation
4 Techniciens dédiés CRB
1 ARC CRB
Techniciens partagés avec les services Anatomie et Cytologie Pathologiques et Virologie

Référents opérationnels sites :
Pr Celine Verstuyft – ANF (Acides Nucléiques et Fluides) à Bicêtre
Pr Catherine Guettier – ACP (Anatomie et Cytologie Pathologiques) à Bicêtre et Paul-Brousse
Pr Sophie Prevot – ACP (Anatomie et Cytologie Pathologiques) à Béclère
Pr Anne-Marie Roque – Virologie à Paul-Brousse
Dr Anne-Laure Roux – Fluides à Raymond-Poincaré

Le CRB Paris-Saclay assure la constitution de collections d’échantillons biologiques dans le but de les mettre à disposition des équipes de recherche des hôpitaux Antoine-Béclère, Bicêtre, Paul-Brousse et Raymond-Poincaré, et d’équipes partenaires, issues d’organismes publics ou privés.

Les échantillons sont collectés dans le cadre de protocoles de recherche ou issus du soin et requalifiés pour constituer des collections thématiques en lien avec les activités de recherche du groupe hospitalier. La finalité est de promouvoir la recherche clinique et fondamentale des quatre sites du groupe hospitalo-universitaire.

Le maintien d’une activité de biobanking de qualité impose une politique pro-active de valorisation des échantillons.

Les collections stockées au CRB sont de différents types : tissus congelés ou blocs de paraffines, fluides (ADN, ARN, plasma, sérum, LCR salive,) ou autres tels que des selles ou cellules.

Pour plus d’information, vous pouvez contacter le CRB par mail :

crb.paris-saclay@aphp.fr

Réception
Le processus de réception permet de vérifier la conformité du prélèvement (adéquation entre l’identification du prélèvement et la fiche d’informations), l’heure de prélèvement, la présence d’une fiche de consentement avant l’enregistrement des échantillons. Les critères d’acceptation sont définis au sein du CRB Paris-Saclay.

Préparation
Les processus de préparation sont différents selon qu’il s’agit du site Anatomie et cytologie pathologiques (ACP à Bicêtre, Paul-Brousse et Antoine-Béclère), Virologique (VIRO à Paul-Brousse) ou Fluides (ANF à Bicêtre et Raymond-Poincaré). Les procédures correspondantes sont disponibles sur chacun des sites.
Au sein de chaque site, les méthodes de préparation sont harmonisées et les points critiques définis.
La préparation s’effectue avec les équipements de protection adéquats (EPI : Gants, blouses etc.. et EPC : PSM Type 2).

 

Technologies utilisées
Extracteur automatique QIAsymphony moyen débit
Robot d’aliquotage pour le plasma et l’ADN avec l’automate Beckman Biomek Nxp Span 8 (le CRB peut aussi réaliser l’extraction d’ADN ou ARN sur sang, salive et tissus)

Stockage

Le CRB Paris-Saclay dispose de capacités de congélation à -20°C, -80°C et -150°C avec un système de surveillance 7j/7j 24h/24h et un enregistrement continu des températures via un logiciel (Sirius®). Dans tous les cas, la qualité du processus de rangement des échantillons et son adéquation avec les données cliniques et caractéristiques dans le logiciel de saisi du CRB TumoroteK® sont vérifiés grâce à un suivi régulier et des audits par échantillonnage.

Le stockage des échantillons peut être réalisé en plaque ou en tube en fonction des besoins.

Mise à disposition

Les Mises à disposition sont présentées en réunion du comité de Pilotage qui doit les valider et au comité Scientifique qui peut agir et arbitrer si la demande nécessite un arbitrage. Lors d’une mise à disposition d’échantillons, un devis est fourni et un bon de commande doit être réalisé par l’équipe qui fait la demande de mise à disposition. Le processus de mise à disposition est commun et décrit dans une procédure unique et un « kit de mise à disposition » a été mis en place, regroupant plusieurs documents/formulaires.

Un centre de ressources biologiques, aussi appelé « biobanque » est un service où les échantillons biologiques sont préparés, conservés et mis à la disposition des chercheurs avec une garantie de qualité et de traçabilité. Les CRB se sont affirmés comme des outils indispensables à la recherche.

Le CRB Paris-Saclay a pour objectif d’améliorer la qualité des échantillons dédiés à la recherche. Le CRB Paris-Saclay est présent sur les quatres sites du groupe hospitalo-universitaire AP-HP. Université Paris-Saclay : Antoine-Béclère, Bicêtre, Paul-Brousse et Raymond-Poincaré.

A quoi servent vos échantillons ?

Les échantillons biologiques destinés au CRB sont collectés pour les besoins d’une recherche. L’utilisation d’échantillons biologiques de qualité est primordiale pour la recherche. En consentant à ce que les chercheurs utilisent vos échantillons et données associées, vous aidez à la conception de nouveaux traitements et à l’avancée de la recherche.

Donner pour la recherche

Les échantillons biologiques (prélèvement sanguins, urines, selles etc) destinés au CRB sont collectés pour les besoins d’une recherche. Les chercheurs étudient des échantillons biologiques dans le but de comprendre d’avantage le corps humain.

En consentant à ce que les chercheurs utilisent vos échantillons et données associées, vous aidez à la conception de nouveaux traitements et à l’avancée de la recherche. Si vous souhaitez participer en faisant un don d’échantillons ou de données au sein du CRB Paris-Saclay, votre participation sera volontaire et aidera les médecins et chercheurs à développer les connaissances scientifiques et médicales.

Vous souhaitez soumettre un projet de collection d’échantillons

Si vous souhaitez soumettre un projet de recherche, le CRB peut vous accompagner dans les démarches réglementaires en lien avec l’unité de recherche clinique de AP-HP. Paris-Saclay et vous aider au montage du projet.

En effet vous pouvez :

  • Prendre contact avec le CRB (crb.paris-saclay@aphp.fr) afin de discuter de la méthodologie de la création de la collection, de la logistique et du budget nécessaire pour le stockage des ressources biologiques du projet.
  • Entreprendre les démarches réglementaires.

Vous souhaitez déposer une collection d’échantillons biologiques

Le CRB est ouvert à l’ensemble des hôpitaux universitaires, industries des bioréactifs, laboratoires, établissements publics de santé, notamment dans le cadre de la constitution de réseaux de collecte de ressources biologiques sur le plan national et international. L’intégration de ressources biologiques est possible selon les cas suivants :

  • Collectes prospectives de tissus, d’acides nucléiques et de fluides, en lien avec les grandes thématiques du groupe hospitalo-universitaire, ou des collections prospectives requalifiées.
  • Projets de recherche scientifiques et institutionnels.

Un formulaire de « Demande de mise en collection de ressources biologiques » disponible sur demande par email (crb.paris-saclay@aphp.fr) et ci-dessous devra être complété et envoyé au CRB avec le texte du projet de recherche.

Synthèse sur les procédures de mise en collection.

Vous pouvez déposer une collection d’échantillons biologiques au CRB Paris Saclay que ce soit une collecte prospective de tissus, de fluides, de selles ou encore de cellules ou un projet de recherche institutionnel scientifique. Le formulaire de « demande de mise en collection » doit être complété et renvoyé au CRB avec le projet de recherche. La demande doit être complète pour être soumise au COPIL.

Vous souhaitez accéder à des échantillons biologiques

Vous pouvez accéder aux ressources biologiques du CRB AP-HP. Paris-Saclay de deux façons :

1. CRB

Vous pouvez nous contacter en complétant le formulaire de demande d’échantillons et le renvoyer au mail suivant : crb.paris-saclay@aphp.fr

La mise à disposition de ressources biologiques est réalisée selon le statut du demandeur.

  • Dans le cas où le demandeur n’est pas le dépositaire, il effectue une demande auprès du CRB en remplissant le « Formulaire de demande d’échantillons au CRB » disponible sur le site internet du CRB. Cette demande sera étudiée par le COPIL.
  • Dans le cas où le demandeur est le dépositaire, les ressources biologiques lui seront restituées à tout moment sur demande.

Dans tous les cas, les deux parties conviennent d’une date d’envoi des échantillons. Les échantillons mis à disposition seront accompagnés du kit de mise à disposition du CRB AP-HP. Paris-Saclay.

2. Catalogue Biobanque AP-HP :

Vous pouvez également consulter le catalogue Biobanque AP-HP pour en savoir plus sur les collections disponibles au CRB. Le CRB membre du réseau des 12 CRB de l’AP-HP a participé à l’élaboration du catalogue Biobanque AP-HP qui regroupe les collections adultes et pédiatriques des CRB de l’AP-HP.

>>Consultez le catalogue Biobanque AP-HP

Vous pouvez également consulter le catalogue Biobanque AP-HP pour en savoir plus sur les collections disponibles au CRB. Le CRB membre du réseau des 12 CRB de l’AP-HP a participé à l’élaboration du catalogue Biobanque AP-HP qui regroupe les collections adultes et pédiatriques des CRB de l’AP-HP.

Synthèse sur les procédures de mise à disposition.

Mise à disposition : Le demandeur effectue sa demande en remplissant le « Formulaire de demande d’échantillons au CRB. Cette demande sera étudiée par le comité de pilotage puis un devis sera établi par le CRB. En cas d’acceptation, les deux parties remplissent et signent un MTA (Material Transfer Agreement).

Publications de 2017

  • Mutations in the novel gene FOPV are associated with familial autosomal dominant and non-familial obliterative portal venopathy. Besmond C, Valla D, Hubert L, Poirier K, Grosse B, Guettier C, Bernard O, Gonzales E & Jacquemin, E. (2017).. Liver International, 38(2), 358‑364. https://doi.org/10.1111/liv.13547
  • Metabolism dysregulation induces a specific lipid signature of nonalcoholic steatohepatitis in patients. Chiappini F, Coilly A, Kadar H, Gual P, Tran A, Desterke C, Samuel D, Duclos-Vallée J-C, Guettier C, (2017). Sci Rep;7:46658. https://doi.org/10.1038/srep46658.

Publications de 2018

  • L1 retrotransposition is a common feature of mammalian hepatocarcinogenesis. N. Schauer S, E. Carreira P, Shukla R, J. Gerhardt D, Gerdes P, J. Sanchez-Luque F, Faivre J et al (2018). Genome Res. 28(5): 639–653. https://doi.org/10.1101/gr.226993.117
  • Integrative analysis of dysregulated microRNAs and mRNAs in multiple recurrent synchronized renal tumors from patients with von Hippel-Lindau disease.  Gattolliat C-H et al. International journal of oncology vol. 53,4 (2018): 1455-1468. doi:10.3892/ijo.2018.4490
  • The TRKB rs2289656 genetic polymorphism is associated with acute suicide attempts in depressed patients: A transversal case control study. Deflesselle E, Colle R, Rigal L, Vievard A, Martin S, Becquemont L, Verstuyft C & Corruble E. (2018). PLOS ONE, 13(10), e0205648. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0205648
  • SYK Inhibition Induces Apoptosis in Germinal Center-Like B Cells by Modulating the Antiapoptotic Protein Myeloid Cell Leukemia-1, Affecting B-Cell Activation and Antibody Production. Roders N, Herr F, Ambroise G, Thaunat O, Portier A, Vazquez A and Durrbach A (2018). Front. Immunol. 9:787. doi: 10.3389/fimmu.2018.00787

Publications de 2019

  • APC germline hepatoblastomas demonstrate cisplatin-induced intratumor tertiary lymphoid structures. Morcrette G, Badour E, Pilet J, Caruso S, Calderaro J, Martin Y, Imbeaud S, Letouzé E, Rebouissou S, Branchereau S, Taque S, Chardot C, Guettier C & Zucman-Rossi J. (2019). OncoImmunology, 8(6), e1583547. https://doi.org/10.1080/2162402x.2019.1583547
  • TGR5-dependent hepatoprotection through the regulation of biliary epithelium barrier function. Merlen G, Kahale N, Ursic-Bedoya J, Bidault-Jourdainne V, Simerabet H, Doignon I, Tanfin Z, Garcin I, Péan N, Gautherot J, Davit-Spraul A, Guettier C, Humbert L, Rainteau D, Ebnet K, Ullmer C, Cassio D, & Tordjmann T. (2019). Gut, 69(1), 146‑157. https://doi.org/10.1136/gutjnl-2018-316975
  • FABP4 and MMP9 levels identified as predictive factors for poor prognosis in patients with nonalcoholic fatty liver using data mining approaches and gene expression analysis. Coilly A, Desterke C, Guettier C. et al. Sci Rep 9, 19785 (2019). https://doi.org/10.1038/s41598-019-56235-y
  • Lower plasma vascular endothelial growth factor A in major depressive disorder not normalized after antidepressant treatment : A case control study. Australian & New Zealand . Rigal A, Colle R., Trabado S, Loeb E, Martin S, Choucha W, Gressier F, Costemale-Lacoste J.-F, de Larminat D, Deflesselle E, Fève B, Chanson P. Becquemont L. Verstuyft C. & Corruble, E. (2019). Journal of Psychiatry, 54(4), 402‑408. https://doi.org/10.1177/0004867419893433
  • Tspan15 Is a New Stemness‐Related Marker in Hepatocellular Carcinoma. Sidahmed‐Adrar N, Benzoubir N, Ait Saadi T, Bou Saleh M, Mauduit P, Guettier C, Desterke C, & Le Naour F. (2019).. PROTEOMICS, 19(21‑22), 1900025. https://doi.org/10.1002/pmic.201900025
  • Pharmacoresistance to psychotropic drugs and pharmacogenetic anomalies of cytochrome P450 2D6 : Towards personalized medicine in child and adolescent psychiatry, a research protocol. A.David, A.Fernandez, M.L.Menard, E.Dor G.Leali, F.Maria E.Fontas, F.Askenazy, C.Verstuyft, S.Thümmler. (2019) Neuropsychiatrie de l’Enfance et de l’Adolescence, 67(2), 109-117 https://doi.org/10.1016/j.neurenf.2018.12.003

Publications de 2020

  • Identification of a new aggressive axis driven by ciliogenesis and absence of VDAC1-ΔC in clear cell Renal Cell Carcinoma patients. Fabbri L, Dufies M, Lacas-Gervais S, Gardie B, Gad-Lapiteau S et al. (2020) Theranostics ,10(6), 2696-2713. https://doi.org/10.7150/thno.41001
  • Usefulness of morphometric image analysis with Sirius Red to assess interstitial fibrosis after renal transplantation from uncontrolled circulatory death donors. Dao M, Pouliquen C, Duquesne A, Posseme K, Mussini C, Durrbach A, Guettier C, François H, & Ferlicot S. Sci Rep 10, 6894 (2020). https://doi.org/10.1038/s41598-020-63749-3
  • SOD2 genetic polymorphism (rs4880) has no impact on 6‐month response to antidepressant treatment and inflammatory biomarkers in depressed patients. Becquemont L, El‐Asmar K, Mahmoudi K, Colle R, Trabado S, Gressier F, Feve B, Corruble E, & Verstuyft C. (2020). Basic & Clinical Pharmacology & Toxicology, 126(3), 289‑295. https://doi.org/10.1111/bcpt.13385
  • Evaluating 10 Commercially Available SARS-CoV-2 Rapid Serological Tests by Use of the STARD (Standards for Reporting of Diagnostic Accuracy Studies) Method. Dortet L, Vauloup-Fellous C, Langendorf C, Kallala R, Verstuyft C, Fortineau C, Roque-Afonso A-M, Naas T. (2020). J Clin Microbiol 59:e02342-20. https://doi.org/10 .1128/JCM.02342-20
  • Population pharmacokinetic model of blood THC and itsmetabolites in chronic and occasional cannabis users and relationship with on-site oral fluid testing. Alvarez J-C, Hartley S, Etting I, Ribot M, Derridj-Ait-Younes N,  Verstuyft C,  Larabi I-A, Simon N. (2020). J Clin Pharmacol.1–11.https://doi.org/10.1111/bcp.14724
  • APC germline hepatoblastomas demonstrate cisplatin-induced intratumor tertiary lymphoid structures. Morcrette G, Badour E, Pilet J, Caruso S, Calderaro J, Martin Y, Imbeaud S, Letouzé E, Rebouissou S, Branchereau S, Taque S, Chardot C, Guettier C & Zucman-Rossi J. (2019). OncoImmunology, 8(6), e1583547. https://doi.org/10.1080/2162402x.2019.1583547
  • TGR5-dependent hepatoprotection through the regulation of biliary epithelium barrier function. Merlen G, Kahale N, Ursic-Bedoya J, Bidault-Jourdainne V, Simerabet H, Doignon I, Tanfin Z, Garcin I, Péan N, Gautherot J, Davit-Spraul A, Guettier C, Humbert L, Rainteau D, Ebnet K, Ullmer C, Cassio D, & Tordjmann T. (2019). Gut, 69(1), 146‑157. https://doi.org/10.1136/gutjnl-2018-316975
  • FABP4 and MMP9 levels identified as predictive factors for poor prognosis in patients with nonalcoholic fatty liver using data mining approaches and gene expression analysis. Coilly A, Desterke C, Guettier C. et al. Sci Rep 9, 19785 (2019). https://doi.org/10.1038/s41598-019-56235-y
  • TGR5 controls bile acid composition and gallbladder function to protect the liver from bile acid overload. Bidault-Jourdainne V, Merlen G, Glénisson M, Doignon I, Garcin I, Péan N, Boisgard R, Ursic-Bedoya J, Serino M, Ullmer C, Humbert L, Abdelrafee A, Golse N, Vibert E, Duclos-Vallée JC, Rainteau D, Tordjmann T. JHEP Rep. 2020 Nov 11;3(2):100214. doi: 10.1016/j.jhepr.2020.100214. PMID: 33604531; PMCID: PMC7872982.
  • A combined clinical and biological risk classification improves prediction of outcome in hepatoblastoma patients. Cairo S, Armengol C, Maibach R, Häberle B, Becker K, Carrillo-Reixach J, Guettier C, Vokuhl C, Schmid I, Buendia MA, Branchereau S, von Schweinitz D, Kappler R. Eur J Cancer. 2020 Dec;141:30-39. doi: 10.1016/j.ejca.2020.09.026. Epub 2020 Oct 27. PMID: 33125945.
  • Identification of Four Immune Subtypes Characterized by Distinct Composition and Functions of Tumor Microenvironment in Intrahepatic Cholangiocarcinoma. Hepatology. Job S, Rapoud D, Dos Santos A, Gonzalez P, Desterke C, Pascal G, Elarouci N, Ayadi M, Adam R, Azoulay D, Castaing D, Vibert E, Cherqui D, Samuel D, Sa Cuhna A, Marchio A, Pineau P, Guettier C, de Reyniès A, Faivre J.. 2020 Sep;72(3):965-981. doi: 10.1002/hep.31092. Epub 2020 Aug 16. PMID: 31875970; PMCID: PMC7589418.

Publications de 2021

  • Effect of anakinra versus usual care in adults in hospital with COVID-19 and mild-to-moderate pneumonia (CORIMUNO-ANA-1): a randomised controlled trial. CORIMUNO-19 Collaborative group.Lancet Respir Med. 2021 Mar;9(3):295-304. doi: 10.1016/S2213-2600(20)30556-7. Epub 2021 Jan 22.PMID: 33493450 Free PMC article. Clinical Trial.
  • Effect of Tocilizumab vs Usual Care in Adults Hospitalized With COVID-19 and Moderate or Severe Pneumonia: A Randomized Clinical Trial. Hermine O, Mariette X, Tharaux PL, Resche-Rigon M, Porcher R, Ravaud P; CORIMUNO-19 Collaborative Group.JAMA Intern Med. 2021 Jan 1;181(1):32-40. doi: 10.1001/jamainternmed.2020.6820.PMID: 33080017 Clinical Trial.
  • Blood microbiota and metabolomic signature of major depression before and after antidepressant treatment: a prospective case-control study. Ciocan D, Cassard AM, Becquemont L, Verstuyft C, Voican CS, El Asmar K, Colle R, David D, Trabado S, Feve B, Chanson P, Perlemuter G, Corruble E. J Psychiatry Neurosci. 2021 May 19;46(3):E358-E368. doi: 10.1503/jpn.200159. PMID: 34008933; PMCID: PMC8327971.

Le CRB Paris-Saclay est membre de plusieurs réseaux et collabore avec plusieurs partenaires :

Réseau Français de Recherche sur le Cancer du Rein UroCCR multidisciplinaire, multicentrique nationale sur le cancer du rein
Réseau des CRB foie
Infrastructures en Biologie, Santé et Agronomie (IBiSA)
Fregat database : la Base Clinico-Biologique FREGAT (French EsoGastric Tumours)
Club 3C-R : 3CR est un réseau pour les Ressources Biologiques

Le CRB travaille également en partenariat avec la Plateforme d’expertise maladies rares AP-HP. Université Paris-Saclay, qui rassemble les centres maladies rares, les structures de recherche, les laboratoires de diagnostic et les associations de patients au sein du groupe hospitalo-universitaire. La Plateforme les accompagne les équipes médicales notamment dans les procédures pour les dépôts de collection de ressources biologiques auprès du CRB.

Nous contacter

Vous pouvez contacter le CRB Paris-Saclay pour toute question ou demande de collaboration par mail :

crb.paris-saclay@aphp.fr